Setelah Indonesia memproklamirkan Kemerdekaan pada tanggal 17-8-1945, maka semenjak itu Pemuda-pemuda Indonesia mulai berangsur-angsur merebut kekuasaan Pemerintahan dari tangan Jepang baik di pusat pemerintahan (Jakarta/Bandung) maupun Pemerintahan Daerah-daerah.
Sesudah Pemerintahan Indonesia membentuk Kabinet yang pertama, maka pada Menteri mulai menyusun organisasi serta sifatnya. Pekerjaan Umum pada waktu itu (1945) berpusat di Bandung, dengan mengambil tempat bekas gedung V.&W. (dikenal dengan nama “Gedung Sate”).
Ketika Belanda ingin mengembalikan kekuasaaan pemerintahan di Hindia Belanda sebelum perang, datang mengikuti Tentara Sekutu masuk ke Indonesia. Akibat dari keinginan Pemerintahan Belanda ini, terjadilah pertentangan fisik dengan Pemuda Indonesia yang ingin mempertahankan tanah air berikut gedung-gedung yang telah didudukinya, antara lain “Gedung Sate” yang telah menjadi Gedung Departemen Pekerjaan Umum pada waktu itu (peristiwa bersejarah itu dikenal dengan peristiwa “3 Desember 1945”).
Pada waktu revolusi fisik dari tahun 1945 s/d 1949, Pemerintah Pusat RI di Jakarta terpaksa mengungsi ke Purworejo untuk selanjutnya ke Yogyakarta, begitu juga Kementerian PU.
Sesudah Pemerintahan Belanda tahun 1949 mengakui kemerdekaan Republik Indonesia maka pusat pemerintahan RI di Yogyakarta, berpindah lagi ke Jakarta.
Sejak tahun 1945 itu, Pekerjaan Umum (PU) telah sering mengalami perobahan pimpinan dan organisasi,sesuai situasi politik pada waktu itu. Sebagai gambaran garis besar organisasi PUT diuraikan sebagai berikut:
- Sebelum tentara Belanda masuk ke Yogyakarta Susunan Kemerdekaan PU. Perhubungan dapat dibagi menjadi 8 Jawatan dan 4 Balai.
- Khusus pada masa Republik India Serikat Kementerian Perhubungan dan POU RIS dibagi dalam beberapa Departemen dan beberapa Jawatan dan beberapa instansi yang hubungan erat dengan tugas dari dep.PU. RIS.
Kementerian Perhubungan PU.RIS tersebut terdiri atas penggabungan 3 Departemen prae federal yaitu :
- Departemen Verkeer, Energie dan Mynbouw dulu (kecuali Mynbouw yang masuk dalam kementerian Kemakmuran).
- Departemen Van Waterstaat di Wederopbouw.
- Departemen Van Scheepvaart.
Penggabungan dari 3 Departemen dari pemerintahan prae federal dalam satu Kementerian yaitu Kementerian Perhubungan Tenaga dan PU.RIS dianggap perlu, supaya hubungan 3 Departemen tersebut satu dengan lain menjadi sangat erat, terlebih-lebih jika diingat, bahwa untuk pembangunan Negara akan diadakan koordinasi dan rasionalisasi yang baik dan adanya tenaga ahli dan pula untuk melancarkan semua tugas yang dibebankan pada Kementerian Perhubungan Tenaga dan PU.RIS.
Khusus pada permulaan terbentuknya Negara Kesatuan RI, maka susunan Kementerian berbeda sebagai berikut : Dalam masa proloog G 30 S. PKI terjadilah dalam sejarah Pemerintahan RI suatu Kabinet yang besar disebut dengan nama Kabinet DwiKora atau Kabinet 100 Menteri, dimana pada masa ini dibentuk Koordinator Kementerian. Tidak luput Departemen PUT. yang pada masa itu ikut mengalami perubahan organisasi menjadi 5 Dept. dibawah Kompartemen PUT Kabinet Dwikora, dipimpin Jenderal Suprajogi. Adapun Kompartemen PUT ketika membawahi, antara lain :
- Departemen Listrik dan Ketenagaan
- Departemen Bina Marga
- Departemen Cipta Karya Konstruksi
- Departemen Pengairan Dasar
- Departemen Jalan Raya Sumatera
Setelah peristiwa G.30S PKI Pemerintah segera menyempurnakan Kabinet Dwikora dengan menunjuk Ir.Soetami, sebagai menteri PUT untuk memimpin Kompartemen PUT. Kabinet yang disempurnakan itu tidak dapat lama dipertahankan.
Kabinet Ampera, sebagai Kabinet pertama dalam masa Orde Baru. Kembali organisasi PUT dibentuk dengan Ir.Soetami, sebagai Menteri. Dengan Surat Keputusan Menteri PUT tertanggal 17 Juni 1968 N0.3/PRT/1968 dan dirobah dengan Peraturan Menteri PUT tertanggal 1 Juni 1970 Nomor 4/PRT/1970. Departemen PUT telah memiliki suatu susunan struktur Organisasi.
Sebagai gambaran lebih jauh pembagian tugas-tugas dalam lingkungan Dep. PUT, maka pada waktu itu azas tugas-tugas PU telah diserahkan pada kewenangan daerah itu sendiri.